Mobilní telefony iPhone disponují sofistikovaným software běžícím na operačním systém iPhone OS, který je vzdálený příbuzný operačního systém Mac OS X. Základní rozhraní telefonu iPhone obsahuje seznam dostupných aplikací. Za normálních okolností iPhone umožňuje běh pouze jedné aplikace, ale většina funkcí je dostupná i během hovoru nebo poslouchání hudby. Telefon disponuje dotykovou obrazovkou, na které je možné v případě potřeby aktivovat virtuální klávesnici.

Ve výchozím stavu iPhone jsou dostupné tyto aplikace: Messages (SMS a MMS zprávy), Calendar (kalendář), Photos (fotky), Camera (foťák), YouTube, Stocks (akciové trhy), Maps (Google Maps), Weather (počasí), Voice Memos (hlasové pouznámky), Notes (poznámky), Clock (hodiny), Calculator (kalkulačka), Settings (nastavení), iTunes (obchod iTunes), App Store (obcho aplikací), a Compass (kompas - jenom iPhone 3Gs). V dolní části obrazovky jsou přilepené čtyři ikonky pro Phone (telefon), Mail (email), Safari (internetový prohlížeč), and iPod (multimedia).